與鋼質和木質漁船相比，玻璃鋼漁船由于糊制工作量大、原材料價格偏高等因素影響，船舶造價較高。在規模批量建造前提下，玻璃鋼漁船造價一般是同尺度鋼質漁船的1.3～1.5倍，是同尺度木質漁船的1.5～3倍，這意味著漁民若選擇建造玻璃鋼漁船，將在初期增加投入不菲的成本。
當玻璃鋼漁船與鋼船擁擠在一起?？看a頭時，玻璃鋼船沒有鋼船耐磨，容易被鋼船劃傷，且玻璃鋼漁船在有礁石等堅硬物體海灘坐灘時容易損壞玻璃鋼船底。因此玻璃鋼漁船錨泊時受到一定限制，需要提供一定的港口配套設施條件，或在建造時采取防護措施，如在船艏及船艉角部用不銹鋼板外包，在艏部下端與岸邊觸碰處設置金屬或非金屬防磨板，船舷使用護舷材料防止碰撞受損。
由于玻璃鋼漁船與同尺度的鋼質漁船相比價格高出30%至50%，與木質漁船相比更是高達50%至300%，初期投入較大，成為漁民建造玻璃鋼漁船的主要障礙。從國外玻璃鋼漁船的發展歷程可見，的政策支持和資金扶持推動起了決定性作用。
由于玻璃鋼材質的特殊性，使得玻璃鋼漁船的設計，與傳統的漁船設計不同。玻璃鋼漁船的建造相當復雜，包括船型設計、玻璃鋼結構設計、玻璃鋼原材料優化選擇、規?；ㄔ旒夹g及在線質量控制等一系列技術的研究開發。
